Secondo alcuni storici, Bonea, trae le sue origini ed il nome da un Duca "Buono", o "Bono", le cui spoglie riposano nella Chiesa di S. Maria a Piazza a Napoli. 
Molti ritengono, però, che il luogo fosse abitato già in epoca sannita. Sul territorio sono state rinvenute alcune tombe di età sannita, però, i reperti più rilevanti, appartengono all'epoca romana. Numerosi, dagli anni '50, sono gli scavi che hanno portato alla luce testimonianze di un complesso residenziale proprio di età romana. Di notevole importanza archeologica sono i resti della "Villa di Cocceio", citata da Orazio (L.I.Satira V) nella descrizione del suo viaggio da Roma a Brindisi. Il carattere fastoso della dimora patrizia è ben dimostrato, oltre che dalla monumentalità delle strutture, dal ritrovamento di una statua di Satiro con pantera in marmo, conservata al Museo Nazionale di Napoli. Attesta infine l'importanza archeologica del territorio di Bonea la presenza di un mausoleo funerario di epoca romana, la cisiddetta Torre del Vessillo, monumento emblematico per la città. 

Bonea è stata sempre un casale di Montesarchio. Nell'anno 833, nella guerra che contrappose i Longobardi ai Duchi di Napoli, fu distrutta dal Duca napoletano Buono o Bono. 

PERSONAGGI IMPORTANTI DA RICORDARE:

- Marcello CECERE, insigne matematico e professore nella Regia Università di Napoli

- L'Abate Giovanni Carlo DAVOLA, storico e antiquario

- L'Arciprete TRIDENTE, teologo e storico